همه‌ی اعضای جمعیت امام علی داوطلب هستند. ساختار سازمانی جمعیت امداد دانشجویی – مردمی امام علی (ع) به دلیل تنوع فعالیتها و پروژه‌ها یک ساختار ترکیبی است. به این معنی که در ساختار تعریف شده بخشی از سازمان مسئولیت فعالیت‌های پشتیبانی و بخشی دیگر تحت عنوان تیم‌های عملیاتی مسئولیت‌های اجرایی را بر عهده دارند. در مورد طرح‌ها و پروژه‌ها بر اساس ماهیت آنها دو نوع ساختار وجود دارد. برخی از طرح‌ها مانند طرح کودکان بی‌کتاب در طول سال به طور مداوم در حال انجام است. این نوع از طرح‌ها خود دارای ساختار عملیاتی مجزا و کامل هستند و از طریق واحد مدیریت طرح‌ها نظارت و مدیریت می‌شوند.

نوع دیگر طرح‌هایی مانند کوچه گردان عاشق هستند که در یک مقطع زمانی از سال اجرا می‌شوند. این گونه طرح‌ها ساختار جداگانه‌ای ندارند و تنها در زمان اجرای طرح با بهره گیری از اعضای تیم‌های دیگر، یک ستاد و تیم اجرایی تشکیل می‌شود که طرح را در مدت زمان تعیین شده انجام می‌دهند.

به طور کلی جمعیت دارای بخش‌های زیر از لحاظ ساختار اجرایی و تصمیم گیری می‌باشد:

۱- برنامه ریزی و توسعه: این واحد زیر نظر موسس و هیئت مدیره و متشکل از اعضای عام جمعیت می‌باشد. این واحد در حقیقت وظیفه توسعه سیستم‌های جمعیت را بر عهده دارد. در ضمن طراحی فرآیندهای سازمانی، تحقیق و توسعه و برنامه‌ریزی بلند مدت و کوتاه مدت در این واحد انجام می‌پذیرد.

۲- شورای دانشجویی: از آنجا که بخش اصلی بدنه جمعیت را دانشجویان و اساتید دانشگاه‌ها تشکیل می‌دهند، این شورای دانشجویی برای بررسی و تصمیم‌گیری در خصوص فعالیتهای دانشجویی و طرح‌های اجرایی جمعیت و هماهنگی‌های لازم در این خصوص در دانشگاه‌ها و ارتباط با دانشحویان تشکیل شده است.

۳- شورای مردمی: از میان خیرین جمعیت کسانی که تمایل دارند نقش بیشتری در تصمیم‌گیری برای جذب مشارکت‌ها و اجرای فعالیت‌های جمعیت داشته باشند، این شورای مردمی را تشکیل داده‌اند.

۴- سرمایه انسانی: با توجه به اهمیت منابع انسانی و داوطلبانی که در جمعیت فعالیت می‌کنند، این واحد با برنامه‌ریزی سرمایه انسانی تامین نیروی انسانی واحدهای دیگر را بر عهده دارد.

۵– روابط عمومی، رسانه و تبلیغات: این بخش امور مربوط به ارتباطات بیرون سازمانی را بر عهده دارد. به علاوه این واحد از طریق ارتباط با خیرین و اصناف و تعریف طرح‌های درآمدزایی و برندسازی جمعیت اقدام به تامین منابع مالی و جذب اسپانسر برای واحدهای مختلف جمعیت را بر عهده دارد.

۶- واحد فنی: این واحد در جمعیت امور مربوط به فناوری اطلاعات و طراحی سیستم‌های ارتباطی جمعیت را بر عهده دارد.

۷- آموزش: واحد آموزش یکی از مهم‌ترین و بزرگترین واحدهای جمعیت به لحاظ سرمایه انسانی می‌باشد که تمامی امور مربوط به آموزش شامل آموزش کودکان محروم از تحصیل و کلاس‌های آموزشی برای خانواده‌های تحت پوشش جمعیت و نیز آموزش اعضای جمعیت را بر عهده دارد.

۸- طرح ها و پروژه‌ها: هر طرح و پروژه در جمعیت تیم و گروه مربوط به خود را دارد که برای خود دارای ساختار سازمانی می‌باشند و مسئولین این بخش‌ها زیر نظر مستقیم واحد برنامه‌ریزی و توسعه فعالیت می‌کنند و گزارشات خود را به این بخش جهت بررسی تحویل می‌دهند.

۹- نمایندگی‌ها: با توجه به استراتژی جمعیت مبنی بر گسترش فعالیت‌ها در شهرهای مختلف، تاسیس نمایندگی در سایر شهرها جزء برنامه‌های جمعیت می‌باشد که هدایت و هماهنگی مسئولین نمایندگی‌های جمعیت و بررسی وضعیت فعالیت‌های کاری آنان و امور مربوط به آنان در این بخش انجام می‌شود.

۱۰- امور مالی: این واحد در جمعیت امور مربوط به حسابداری، حسابرسی و ارائه گزارش‌های مالی به منظور شفاف‌سازی فعالیت‌های جمعیت را بر عهده دارد.

۱۱- شناسایی و مددکاری: این واحد یکی از پرکارترین و مهم‌ترین واحدهای جمعیت به لحاظ عملیاتی میباشد. در این واحد کلیه خانواده‌های تحت پوشش شناسایی شده و به صورت منطقه‌ای خدمات مورد نیاز به خانواده‌ها ارائه می‌شود. این واحد با همکاری واحد آموزش برای دانشجویان علاقه‌مند کلاس‌های رابطین خانواده‌ها را برگزار می‌نماید.

۱۲- امور بین الملل: این واحد تمامی امور مربوط به ارتباط با سازمان ملل متحد و سایر NGO های بین‌المللی و اجرای طرح‌های جمعیت و طرح‌های مشترک با سازمان‌های بین‌المللی و تاسیس دفاتر جمعیت در سایر کشورها را بر عهده دارد.